L'histoire de Saint Seiya se passe de nos jours mais trouve la plus grande partie de son inspiration dans la mythologie.
Depuis les temps mythologiques, la déesse Athéna se réincarne régulièrement sur Terre pour assurer que la justice y règne. Ses serviteurs sont les chevaliers, des jeunes gens qui développent des pouvoirs paranormaux au cours d'un entraînement particulièrement difficile. Ils se battent à mains nues ou au moyen de projection d'énergie, leur corps étant protégés par des armures. Ils opèrent à partir du Sanctuaire en Grèce.
Au début de l'histoire, dix chevaliers de bronze (le grade le plus bas) se rencontrent au cours d'un tournoi pour emporter l'armure d'or du sagittaire. Ils viennent tous du même orphelinat qui appartient à la fondation Kido. Cinq de ces chevaliers deviendront les personnages principaux de l'histoire. Ils se nomment Seiya, Shyriu, Hyoga, Shun et Ikki, le héros étant Seiya, le chevalier pégase. Le tournoi est interrompu lorsque l'un des participants, Ikki, vole l'armure d'or. L'armure est finalement récupérée mais, après cette introduction qui a permis de présenter les personnages, commence alors la véritable intrigue. Les cinq héros se voient accusés d'abord d'avoir violé le code de la chevalerie par le Sanctuaire (ils ont utilisé leur pouvoir à des fins personnelles lors du tournoi). Ils découvrent ensuite que Kido Saori, personnage peu sympathique jusque là, est en fait la réincarnation d'Athéna à qui ils doivent allégeance et que le Sanctuaire est au main d'un usurpateur, le Grand Pope.
Avant cela, pour les sanctionnés de leurs intentions personnelles , plusieurs chevaliers d'argent (croyant bien agir) affrontent alors les chevaliers. Finalement, les héros se rendent au Sanctuaire où ils affrontent les terribles chevaliers d'or, les êtres les plus puissants du monde mais néanmoins bernés par le Grand Pope. Au prix d'une bataille terrible et aux prix de nombreuses vies, Saori est finalement reconnue comme l'authentique Athéna par tous les chevaliers.Leur courage est incomparable et c'est grace a lui qu ils accomplissent des prouesses et viennent a bout d'ennemis parfois bien plus puissants qu'eux.Ils s affrontent au debut de la serie pour obtenir l'armure d'or qui leur donnerait une puissance incalculable. Puis ils affrontent des chevaliers noirs aux ordres de Phenix ( Ikki ) qui changera de coté apres son combat contre seiya (combat mythique d ailleurs).Puis, il doivent affronter les chevaliers d'argent a la solde du grand pope, qui avait tente d assassiner Saori quand elle etait bebe. Enfin, ils se rendent au sanctuaire du grand pope pour se battre contre les 12 chevaliers d or qui sont tous bien plus puissants que tout ce qu ils avaient connus jusque la. Les combats d'Ikki contre le chevalier de la vierge et de Hyoga contre le chevalier du Verseau sont mortels pour nos 2 heros.Apres les avoir tous vaincus (ou convaincus que leur cause etait juste), ils se battent contre le grand pope (qui est en fait le chevalier des gemeaux). C'est Saori qui lui donne finalement le coup de grace et a ce moment la, il regrette ses erreurs et on apprend qu il avait une double personnalite : une bonne et une mechante qui avait pris le dessus depuis un moment.
Ensuite, une nouvelle menace arrive: Poseidon, veut engloutir la Terre sous les Eaux... Les chevaliers se rendent alors dans le royaume de Poseidon, situe sous la mer et y affrontent tous les generaux un par un. Ils affrontent finalement Poseidon, et au terme d un combat mythique (où Seiya revet l armure d or du sagittaire, Shiryu celle de la balance et Hyoga celle du Verseau) , ils reussissent a en venir a bout et a preserver la paix et la survie de l'humanite.Apres cela, la jeune Pandore, une petite fille de 3 ans qui vivait dans le grand château de Heinstein en Allemagne, a eu la curiosité d'ouvrir la porte d'un pavillon oublié dans le parc. Elle y trouvera une boîte assortie du sceau d'Athéna, dont elle sortira les âmes d'Hypnos et Thanatos, dieux du sommeil et de la mort, les deux plus fidèles serviteurs d'Hadès.
C'est l'heure pour Hadès, qui avait semble-t'il déjà tenté une nouvelle fois d'envahir le Sanctuaire, en mettant le germe du Mal en Saga, le plus déchiré et donc le plus influençable des chevaliers d'or. Neuf mois plus tard, la mère de Pandore met au monde un deuxième enfant, qui n'est autre que le corps provisoire d'Hadès qui a déjà décidé de se réincarner par la suite dans le corps de Shun, le chevalier d'Andromède, qui l'intéresse au plus haut point car c'est le plus pur des chevaliers qu'il connaisse... Par la suite, tout l'entourage de Pandore meurt dans des circonstances mystérieuses, la laissant seule au monde avec son frère...
Avant d'envahir le monde, Hadès va d'abord tenter de se débarrasser rapidement d'Athéna. Pour ce faire, peu après la bataille contre Poséidon, il rend la vie pour douze heures à six chevaliers d'or défunts en échange de leur allégeance. Saga, Shura et Camus doivent traverser à leur tour les douze maisons pour retrouver Saori dans son temple et lui trancher la tête ! Shion, quant à lui, reste en arrière pour se battre contre Mû. On retrouve également Death Mask et Aphrodite dans des rôles mineurs (ils se font battre dès le début par Mû).
Aucun des chevaliers d'or rebelles n'a décidé de trahir l'ordre de la chevalerie.Ils savent en effet que le seul moyen pour Saori est d'endosser la mystérieuse... Armure d'Athéna. Celle-ci a toujours été présente au Sanctuaire, sous la forme de la gigantesque statue de la déesse qui surplombe la région. Mais pour pouvoir transmettre le message, ils doivent feindre d'être fidèles à Hadès, sinon il leur retirerait immédiatement leur sursis. Imaginez la souffrance de ces chevaliers, les plus fidèles serviteurs d'Athéna, amoureux et protecteurs de la Terre, obligés de devoir se battre contre leurs amis ! Saga, confronté à Kanon, son propre frère, qui s'est repenti et a réussi à gagner la confiance d'Athéna et l'armure des Gémeaux... Et pire encore, Shaka, devant lequels les trois chevaliers devront s'unir et utiliser l'attaque la plus puissante de toute la chevalerie, l'Athena Exclamation, dont l'énergie dégagée peut avoir la puissance du Big Bang... Une attaque qu'ils doivent réaliser ensemble, et qui les rayera tous les trois de l'ordre des chevaliers.Pourtant, c'est Shaka qui a lui-même appelé la mort. N'oubliez pas que, loin d'être l'illuminé qu'on imaginait, il est vraiment la réincarnation de Bouddha, selon le principe de l'Hyper-Myth (voir la Chronologie Perdue). Un dieu est en réalité un humain qui a réussi à comprendre l'essence du monde, à s'éveiller au Big Will, l'esprit unique, le Nirvana. Chaque être se réincarne un jour ou l'autre, mais ceux qui ont atteint le Big Will finiront par s'y éveiller à nouveau dans leur nouvelle vie, et à retrouver tous leurs pouvoirs divins, comme le fit Saori dans la série TV.
Shaka a atteint longtemps avant les autres le Septième Sens, mais il maîtrise également un Huitième Sens inconnu de tous, celui qui est à l'origine de nous-même, l'Arayashiki. Il permet à l'homme un contrôle total et absolu sur sa propre personne, et ce même au delà de sa mort, l'empêchant par là de devenir un sujet d'Hadès. C'est pour combattre Hadès directement dans l'Au-Delà que Shaka a appelé la mort. Il fera également comprendre à Saori que c'est le seul moyen pour elle aussi de le battre et de protéger la Terre. Elle se suicidera avec le propre couteau utilisé par Saga treize ans auparavant pour tenter de la tuer, avant que celui-ci ne puisse lui parler de l'Armure d'Athéna. Son corps disparaît, elle a elle aussi atteint le Huitième Sens et se rend corps et âme dans l'Hadès pour y combattre son plus vieil ennemi...
Sion arrive sur le lieu du drame et utilise le sang d'Athéna pour transformer la Statue de la déesse en une petite armure miniature qui renferme la seule et véritable Armure d'Athéna, à la manière des Shakti des Hachibushû dans Shurato (petit clin d'oeil ?). Le sang de Saori rendra également vie aux armures des Chevaliers de Bronze, bien amochées il est vrai dans la Bataille contre Poséidon... Seiya est investi de la mission de retrouver Saori et de lui donner l'Armure. Partis sur la trace de leurs maîtres spirituels Saga, Camus et Shura au château de Pandore, Seiya, Hyôga et Shiryû n'arriveront que pour les voir disparaître dans les limbes de l'oubli... Les douze heures étaient écoulées.
Les Spectres et Pandore elle-même s'enfuient à temps pour disparaître dans le gouffre de la mort au coeur de son château, retrouvant ainsi la quiétude du Royaume des Morts. Dohko les prévient : ils sont obligés d'atteindre le Huitième Sens pour arriver de l'autre côté. Mais le temps de l'apprentissage est déjà bien loin. Aucun des Chevaliers d'Athéna n'échouera lorsqu'il s'agira de trouver en lui l'Arayashiki.
Une fois arrivés dans le chateau d'Hadès, les chevaliers de bronze seront confrontés à un nombre incroyable de Spectres durant leur traversée des Prisons (l'équivalent des Maisons du Sanctuaire). Ils rencontreront même le pitoyable Charon sur le fleuve du Styx, ou le déchirant Orphée qui n'est resté aux Enfers que pour protéger sa bien-aimée Eurydice, transformée en partie en statue de pierre... Il finira par rejoindre les chevaliers dans leur quête mais se fera malheureusement blesser mortellement par Rhadamanthe, l'un des trois puissants juges des Enfers avec Eaque et Minos. Orphée sera vengé par Kanon qui sacrifiera sa vie pour emmener Rhadamanthe avec lui dans la mort, dans une scène qui rappelle un peu le combat entre Shura et Shiryû... Ikki arrivera au Royaume des Morts, en retard comme d'habitude, pour tenter de libérer son frère de l'emprise d'Hadès. Echec douloureux.Heureusement, l'apparition de Saori et de Shaka permettra d'en arriver à bout et de sauver Shun. Hadès devra se replier jusque derrière le mystérieux et incassable Mur des Lamentations. Saori le suivra juste avant qu'il ne puisse le refermer, mais elle n'a toujours pas d'armure en sa possession, et elle se fera emprisonner dans une jarre géante...
Les douze chevaliers d'or, pour la première fois réunis avec Aiolos à leur tête, vont s'unir pour détruire ensemble ce Mur. Symboles du zodiaque, donc de la course du soleil autour du ciel, ils peuvent en additionnant leurs pouvoirs reproduire l'éclat de notre astre et créer une brèche dans le Mur pour les chevaliers de bronze. Malheureusement, les Gold Saints y perdront la vie...